En sus cien años de historia, el Señor de la Oración ha sufrido dos restauraciones.

La primera de ellas, en 1996, a cargo de los utreranos Encarnación Hurtado Molina y José Antonio Sanmartín Ledesma. En ella, se intervinieron todas las imágenes del misterio, corrigiendo el deterioro que sufrían por el paso de los años. Tras la consolidación de cada una de ellas, se reencarnaron de nuevo. Al Señor, la citada escultora le hizo una nueva peana (anteriormente la base era un armazón de pletinas de hierro) y anatomizó sus piernas que eran muy cortas, aunque éstas van tapadas por la túnica.

La segunda, como se ha citado anteriormente, fue realizada en una primera fase en 2017, por el sevillano Fernando Aguado, consistente en restauración de la cabeza, ojos y encarnadura, intentando rescatar los primitivos tonos, contornos y sombras, a pesar de que con la anterior intervención, en la policromía, había quedado muy deteriorada la primitiva. Fueron consolidados los ojos y reparadas grietas en la cabeza, siendo muy laboriosa la citada restauración debido a la singular configuración de la talla, La segunda fase que consistirá en la reparación del cuerpo y sujeción a la pena, aún está pendiente, dado que en la anterior restauración de 1996 no resultó lo efectiva que hubiera sido de desear.